Con una comunicazione del 2 dicembre, e con decorrenza 1° dicembre, viene disposto il suo trasferimento alla cattedra di Filosofia teoretica nella Facoltà di Lettere della R. Università di Genova, dietro interessamento di Gentile, ma anche di Schiaffini e Bariè.

Pubblica La vita come ricerca, opera che sembrava rompere tutti i legami precedenti ma che in realtà non era altro che "una logica derivazione dell’attualismo.
I ponti erano solo apparentemente tagliati". (Giovanni Gentile, Firenze 1969, p. 234).
Il suo amico Delio Cantimori recensisce il volume nel "Giornale critico" (5, pp. 356-370).
A questa recensione Gentile premette una nota critica, definendo il testo esaminato "un libro fondamentalmente sbagliato; ma [...] altresì assai come documento schiettissimo e veramente significativo d’uno stato d’animo diffuso tra i più intelligenti studiosi italiani di filosofia [...]. Stato d’animo in cui la filosofia, idealistica o no, non entra davvero, se non per minima parte".

Da Genova Spirito passa all’Università di Roma, dove insegna Filosofia alla Facoltà di Magistero.

Pubblica La Vita come arte e stende il saggio su La guerra rivoluzionaria, edito postumo nel 1989 dalla Fondazione a lui intitolata.
Partecipa a dibattiti e tiene corsi su "Romanticismo e ordine nuovo".
Prende parte al I Convegno Nazionale di Studi Filosofici (Roma, 13-14 dicembre) dove si discute la riforma della Facoltà di Filosofia con l’introduzione, proposta dall’accademico d’Italia A. Carlini, di una cattedra di ‘Elementi di Teologia’.
Tra gli altri partecipano al Convegno A. Gemelli, A. Guzzo, L. Stefanini, N. Abbagnano, M.F. Sciacca, A. Banfi, G. Gentile, E. Castelli, L. Volpicelli, G. Bottai, G. Bontadini.

Partecipa ai convegni organizzati dall’Istituto Nazionale Fascista di Cultura sui temi "Idea d’Europa" e "Il piano economico".
Pubblica su "Scuola fascista" (I, 1942, 6, p. 2) l’articolo 'La tecnica della rivoluzione' nel quale sviluppa ulteriormente le sue tesi sul corporativismo.

Dopo la morte di Gentile assume compiti di direzione e di consulenza presso la casa editrice Sansoni, infondendole un rinnovato impegno e mantenendola ad un alto livello nella produzione culturale con l’iniziativa di prestigiose collane ed enciclopedie.
Nella seconda metà del giugno 1944 inizia a Roma il processo di epurazione contro Spirito, sospeso dalle funzioni di docente con D.M. 31 luglio 1944 e sottoposto a giudizio. Il 15 dicembre 1944 egli viene dichiarato non colpevole dell’addebito di apologia del fascismo e, nonostante il ricorso dell’Alto Commissario Aggiunto per l’epurazione, con decisione del 9 maggio 1945 della Commissione centrale per l’epurazione, il filosofo viene riassunto in servizio attivo a decorrere dalla data di sospensione iniziale.

Assume la direzione della terza serie del "Giornale critico".